光绪六年十月初十（1880年11月12日），陈垣出生在广东省广州府新会县石头乡富冈里一个药商家庭。少年时，他受“学而优则仕”的儒家思想影响。陈垣自幼嗜好读书，《书目问答》《四库全书总书目》两部目录学著作引领他走上学问之路。陈垣17岁时曾赴京参加科举考试却落选，21岁时获新会县试第一。后以经世致用为宗旨治学。

　　光绪三十一年（1905年），在孙中山领导的民主革命影响下，陈垣和几位青年志士在广州创办了《时事画报》，宣传反帝爱国思想。

　　光绪三十二年（1906年），陈垣因进行反清斗争，被清政府抓捕，为躲避追捕，陈垣回到新会老家担任篁村小学教师。他到职后，承包了学校大部分课程，他不仅教学生国文、算学等基础课程，而且还教学生体操和唱歌。

　　光绪三十三年（1907年），陈垣先后在振德中学和义育学堂教国文和历史课程。

　　宣统三年（1911年）辛亥革命爆发，陈垣和康仲荦创办《震旦日报》及其副刊《鸡鸣录》，以迎接革命，在办报和学习医学过程中，陈垣以笔作枪，写了大量时文。

　　民国元年（1912年），陈垣被选为中华民国众议院议员。由于议员是专职性质，他来到北京定居。到北京后，陈垣突然发现了太多有利的读书条件，不少年轻时根本不敢想象的书籍能随时看到，让他一下眼界大开，特别是民国四年（1915年）接触到从承德入京收藏的文津阁《四库全书》后。作为年轻的参议员，陈垣精明能干、文才极好，得到了当时交通系首领梁士诒的赏识，先后在梁士诒主持的税务处、内国公债局、毛革改良会等机构任职。因政局混乱，潜心于治学和任教。他曾在一段时期内信仰宗教，故从民国六年（1917年）开始，陈垣发奋著述中国基督教史，于是有《元也里可温考》之作。陈垣认为，中国基督教初为唐代的景教，以次为元代的也里可温教、明代的天主教、清以后的耶稣教。所谓“也里可温”，是元代基督教的总称。元亡，也里可温就绝迹于中国。但作为宗教史来说，它又是世界宗教史的一个组成部分。陈垣这一著作不但引起中国文学界的注意，也受到国际学者和宗教史研究专家的重视。

　　从民国六年（1917年）到民国三十四年（1945年）的近三十年，陈垣在宗教史、元史以及历史年代学、避讳学、校勘学等领域，作了许多开创性的或总结性的工作。这些与故宫博物院丰富的档案文献收藏息息相关，其中对《四库全书》、明清档案的利用，构成了他这一时期著作的特色之一。

　　民国十二年（1923年）起，陈垣开始在燕京大学任教

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